Després d'un experiment fracassat, el Dr. No, un malèfic científic obsessionat per dominar el món, i en Xip, un simpàtic i eixerit nen de 9 anys, són enviats pel raig d'un accelerador de partícules al món atòmic Micromón.
El Dr. No tractarà de complir els seus malèfics plans de conquesta des del Micromón. Per això, amb el seu gran geni, construirà un exèrcit d'antimatèria transmutant àtoms en antiàtoms i una gran màquina anomenada Torre Negra. Aquesta màquina, a més de servir per desanimar, servirà per tornar al món normal, Macromón. Però, perquè funcioni, necessita una lent que ha caigut a les mans d'en Xip per casualitat.
Per aconseguir-la, el Dr. No crearà un comando d'antimatèria que perseguirà el nostre heroi per tot el Micromón.
En Xip serà ajudat pels seus inseparables amics Merc (àtom de mercuri), Fer (ferro) i Hidro (hidrogen) per torçar els plans del Dr. No i alhora poder tornar a casa. Aquesta persecució permanent, l'ajuda dels àtoms del Micromón, la intervenció de les tropes d'antimatèria i les bogeries megalòmanes del Dr. No, ens permetran viure una aventura permanent, en cada episodi, amb l'astúcia, la intel·ligència i l'amistat dels protagonistes. Al final, les tropes d'antimatèria, comandades pel general Natit (antiàtom de titani), com que s'adonen de les intencions del malvat Doctor, ajudaran en Xip a aconseguir el seu objectiu.
