Star Wars: Clone Wars explica les aventures èpiques que transcorren entre "Star Wars: Episodi II: l'atac dels clons" i "Star Wars: Episodi III: La venjança dels Sith". Segueix als intrèpids Cavallers Jedi i als valents soldats de l'exèrcit de clons de la República en les seves batalles amb les forces droides dels Separatistes, dirigides pel malvat Lord Sith, el Comte Dooku. Sigues testimoni de les batalles que van convertir en herois a l'Anakin Skywalker i a l'Obi-Wan Kenobi, i coneix la nova amenaça que apareixerà en l'Episodi III, el General Grievous
Volum I. La història es centra en una caça recompenses anomenada Asajj Ventress enviada pel Comte Dooku per assassinar a l'Anakin Skywalker. A part, ocorren diverses batalles, entre elles: La d'en Mace Windu en Dantooine, Obi-Wan Kenobi contra un caça recompenses anomenat Durge, Kit Fisto contra una tropa de Quarren en Mon Calamari, l'aventura de Illum, i la batalla en Hypori, que marca la primera aparició del General Grievous.
Volum II. La història es centra en les aventures de l'Obi-Wan Kenobi i l'Anakin Skywalker en diversos territoris. L'Anakin és ascendit a Cavaller Jedi, en un moment en que Coruscant és atacat per la Confederació de Sistemes Independents com a distracció per que el General Grievous s'infiltri i segresti al Canceller Palpatine.
