Califòrnia no s'entendria com és avui sense tenir en compte la petjada que hi va deixar el mallorquí fra Juníper Serra, considerat el fundador d'aquella regió. "Fra Juníper Serra, l'home que caminava" recupera un personatge molt poc conegut al seu país, al contrari del que passa als Estats Units, on la seva figura desperta admiració alhora que odi.
El film narra les primeres passes de Serra a la seva Mallorca natal i com es converteix en missioner. Passa per Querétaro, Mèxic, on Serra entra en contacte amb els primers indígenes i el poder militar, i després continua amb l'èpica expedició que, amb el militar Gaspar de Portolà, el va dur a fundar Califòrnia. Per fer aquest recorregut s'utilitza documentació, en alguns casos inèdita, així com entrevistes als principals experts en el tema. Entre aquests hi ha Steven W. Hackel, de la Huntington Library; Jaume Sobrequés, catedràtic d'Història i autor de diversos llibres sobre la fundació de Califòrnia; Andrew Galvan, indi de les missions i arxiver de Missió Dolores; Diego Prieto, historiador coordinador nacional de Museus de Mèxic; John Vaughn, expresident dels franciscans als Estats Units; Greg Sarris, president de la Federació Índia de Graton Rancheria, i Larry Banegas, editor i nadiu kumeyaay. Aquest últim pertany a la tribu que va tenir els enfrontaments més violents amb els missioners franciscans.
A més de les entrevistes i els documents d'arxiu, el documental també plasma la petjada que ha quedat de Juníper Serra a Califòrnia a través del seguiment d'una família de San Luis Obispo. Una de les filles, com tots els alumnes de Primària de Califòrnia, ha de construir la maqueta d'una missió.
"Fra Juníper Serra, l'home que caminava" s'ha rodat a Petra, Ciutat de Mallorca, Balaguer, Os de Balaguer, Jalpan de Serra (Mèxic), Mèxic DF i a diverses localitats de la costa de Califòrnia, de San Diego a San Francisco.